تعمل محطات تحلية مياه الآبار على تنقيه وتحلية المياه عبر مرورها على عدة دورات مهمة تبدأ بسحب المياه الخام من الابار الجوفية الى خزان قبل محطة تحلية مياه البئر وهي أول مرحلة فعليا. ثم تضخ المياه الى فيزل الوسائط المتعددة لإزالة وتنقية الشوائب ثم الى المراحل القطنية. يتم حقن الكلور والمواد الكيميائية مياه الخام للتخلص من البكتيريا والملوثات. مرحلة مانع التكلسات ما قبل التحلية لمياه ابار لحماية جميع المراحل التالية بأقل الآثار والصرف من الأملاح اثناء التناضح العكسي. خفض نسبة الرقم الهيدروجيني في مياه الخام قبل دخولها الى عناصر اغشية محطات تحليه المياه لتحلية ماء البئر. ثم يتم التخلص من الكلور في المياه الخام قبل ضخ لمياه الى المراحل المتقدمة في المحطات كأغشية الممبرين RO لتحلية المياه الخام. ثم تمر عبر عمليه الاسموزية للتخلص من الاملاح و نقل المياه الناتجة المحلاة إلى المرحلة التالية. معادلة وزيادة نسبة قلوية الماء للنسب المطلوبة بين 7.5 الى 8.2 او 8.5 وبرمز للرقم الهيدروجيني بـ (PH) وقد يختلف هذا الرقم عند استخدام مياه الآبار في الزراعة.